كانت قاعة الصلاة تضم ستة أعمدة أسطوانية في الأصل كما هو موضح في مسقط هرتزفيلد (الشكل 5). ذكر ابن الشحنة أن الأعمدة كانت مقطوعة من مقلع بعادين وكانت صفراء اللون.[1] ذكر الغزّي، مؤرخ حلب الحديث، أن الأعمدة لا نظير لها في الغلظ والطول، والمحراب جميل التصميم بحجارته المزخرفة وفسيفسائه الحجرية. لسوء الحظ، تضررت قاعة الصلاة وفقدت كل هذه العناصر المميزة قبل عام 1920.[2]
في عشرينيات القرن العشرين، خضعت قاعة الصلاة لإعادة بناء كما هو واضح في صورة هرتزفيلد (الشكل 10)، ونتيجة لذلك بقي عمودان اسطوانيان أمام المحراب وسط قاعة الصلاة، وتم استبدال الأعمدة الباقية بأخرى مربعة الشكل (الشكل 11). وفي عام 1953 تم ترميم الجزء العلوي من المئذنة والذي تضرر في الربع الأول من القرن العشرين.[3]تعرض جامع الأطروش لأضرار ودمار في بعض أقسامه خلال الصراع المسلح في حلب بين العامين 2012 و 2016.